这些小道消息传得沸沸扬扬，阴毒至极。如果按照这样的说法，司马奕的皇帝是当不成了，就连他的儿子都成了“野种”。

这些说法，谁也不敢在朝堂上言明，却在民间谁都知道。这就为桓温废掉司马奕做好了舆论准备。

太和六年（371年）十一月，桓温用民间所说的这个理由，逼褚太后废司马奕帝位，立那个只会追求所谓名士的司马昱为帝。褚太后在逼迫之下，最终同意了这个让皇帝家族屈辱的提议。于是将司马奕降为东海王，原会稽王司马昱即帝位，改年号为咸安，是为简文帝。

桓温在废掉司马奕后，权势已达到了姐姐，又利用简文帝的手，成了铲除异已的工具。于是，庚家、殷家都受到不小的冲击，就连谢安见到桓温的时候，也要早早地下拜，桓温俨然已经成了东晋王朝权利的中心。

桓温本以为这样慢慢地就可以代晋自立，谁想到司马昱享不了这样的福，于咸安二年（372年）突然驾崩。这让桓温措手不及，原来简文帝早就写好了一份诏书，诏书的内容就是让位于桓温。可是这份诏书，让大臣王坦之看到，守着简文帝的面就给撕毁了。

司马昱大惊，问：“晋室天下，只是因为好运而意外获得，你又何必如此不甘！”

王坦之正色道：“晋室天下，是晋宣帝司马懿和晋元帝司马睿建立的，又怎由得陛下独断专行！”

简文帝无言以对，只得修改诏书，仍以桓温仿效诸葛亮辅政。

简文帝死后，王坦之等人立太子做皇帝，也就是孝武帝司马曜。桓温本来以为简文帝会禅位给自己做皇帝，这下子又不淡定了，于是和郗超商量。郗超说：“现在您贵为大司马，统领全国军队，怕甚？直接带着兵，把建康接管了就是。”

孝武帝宁康元年（373年）三月，桓温决定带着军队入朝建康。这时候，建康城内人心惶惶，几乎所有的人都认为晋室会被桓温所取代，个个忧心忡忡，建康必定会血洗一场。还有人说，桓温此次来，就是来杀王谢两家的。