回到襄阳后的甘卓，感到无依无靠，脾气越来越暴躁。有一次照镜子的时候，突然看不见自己的脑袋，这让他很害怕。家人都劝他，要加强戒备，以免受到暗算，但是甘卓不听劝，反而解散军队，让他们从事农业生产。

襄阳太守周虑为了讨好王敦，趁着甘卓熟睡之际，就对甘卓的卫士说，湖中的鱼很多，让大家去捕鱼。然后，率众把甘卓杀死在卧室的床上，将首级献给了王敦，并将甘卓的三个儿子全部处死。

甘卓死后，王敦任命自己的亲信，原梁州刺史周访的长子周抚都督沔北诸军事，接替了甘卓的位置。

这时候，湘州刺史司马承仍然率领部众在长沙苦苦支撑。王敦见司马承不肯屈服，就让朝中的大臣给司马承和长沙城中的其他将领写信，告诉建康已经陷落，再坚持下去已经没有什么意义，以此来瓦解长沙守军的意志。

果然，在坚守了近百日之后，长沙军民苦等甘卓援军不到，又得知建康陷落的消息，都感到没了希望，士气逐渐低落。很快，长沙城被魏乂大军攻破，魏乂将司马承打入囚车，送往武昌。

而王敦怕再生意外，就让魏乂派人把司马承杀死在送往武昌的途中，死时年59岁。

司马承被杀之后，湘州刺史的位置空了下来，本来元帝司马睿下诏让陶侃接任，但是王敦不同意。陶侃在王敦之乱中，被司马睿任命为江州刺史，并派高宝出兵，然而，高宝所部直到长沙陷落也没抵达长沙。

王敦知道陶侃有武略，不可与司马承这些人相比，于是坚决不能让他在自己的掌控范围内横插一刀。司马睿没办法，只好让陶侃继续做他的广州刺史，王敦为了安抚他，给他加了一个散骑常侍的虚衔。

而湘州刺史的位置，王敦就给了南蛮校尉魏乂。魏乂拿下长沙以后，到处派人寻找邓骞的下落，邓骞的家人都为此感到担心，叫邓骞躲一躲。邓骞不躲，主动去见魏乂，魏乂也不和他计较，任命他为湘州别驾，没过多久，邓骞就说有病辞官回家。

王敦把内外事宜处理完毕，更加飞扬跋扈。他最宠幸的沈充和钱凤也鸡犬升天，凡以前得罪过他俩的，统统是个死。这二人又大造府邸，侵人田宅，发掘古墓，剽掠行市，使得士庶咬牙切齿，恨不得二人早早死掉。